日本国憲法第一条の「国民の総意に基く」という規定は、数の概念を示す文言ではありません。
「日本国民の歴史を踏まえた文化的普遍的な共通認識に基く」という意味合いとなります。

「日本国民の”至高の”総意に基く」というのが日本国憲法の当初案として国会に提示されたものでしたが、「国民主権」の明確化という中で文言が修正された形となります。（→「主権の存する日本国民の総意に基く」）
本来、主権が国民に存することと、主権者たる国民の”至高の”総意に基き皇位が位置付けられるということとは何ら矛盾しませんので、「国民の総意が時々で左右出来るような安易なものではない、数の概念ではない」という点で誤解を招かないように「至高の」を削らずに残しておいた方がより明確だったと思います。
（「この地位は、主権の存する日本国民の至高の総意に基く」）
しかしながら「国民の総意」というだけでも非常に重い言葉、概念ですので、それを憲法の条文において用いる前提は何なのか、どういう前提があればこの文言を用いて憲法規定し得るのかをよくよく考えることが重要となります。

憲法2条の「世襲」には、憲法1条の「象徴」「国民の総意に基く」が前提・制約として掛かっています。
これは、皇室典範2条の「皇長子」に典範1条の「皇統に属する男系の男子」が前提・制約として掛かっていて、ここで規定される「皇長子」に愛子内親王は含まれないことと同じです。
法文の文言を単独で抜き出して辞書的な意味を主張・解釈しても意味はありません。
（辞書的な意味で「皇長子」は天皇の長子の意味だから愛子さまが皇位継承者として法律で規定されている！と主張するいわゆる愛子女帝派も見受けられますが、実際の法運用上は皇室典範2条の「皇長子」として見なされてはおらず、皇位継承順は付与されていません）
法律は前の条文等含めて全体で整合性が取れるように設計されているものとなりますので、法の解釈においては統合的な捉え方が必要で重要となります。
憲法2条は、「象徴」「国民の総意に基く」を満たす（すなわち下位条文・理念とも根本矛盾しない、憲法14条 門地差別禁止の理念に根本矛盾しない）「世襲」が「皇室典範」に規定され、それに基き皇位継承が執り行われる旨規定されているものとなります。

また憲法2条における「世襲」を捉える上で重要なのは、世襲宮家・世襲親王家（旧宮家の皇族）の即位を前提（有り得る）として規定されているという点です。
日本国憲法の公布は1946年（昭和21年）、施行は1947年（昭和22年）5月3日で、旧宮家の皇籍離脱は1947年（昭和22年）10月14日という時系列です。
日本国憲法も皇室典範も旧宮家皇族が殿下として皇室に存在する形において実際に運用されているもので、時の天皇から数百年離れた皇族が存在してもなんら支障がない規定となっています。

女性天皇（現行法制：皇室典範に反する）に8割以上の国民が賛成という現状は、天皇が本来の役割・責任を果たしてこなかったという何よりの証左となります。
天皇の役割・存在意義の究極は即位・在位の年齢制限に表れています。
すなわち0歳で即位・在位が可能。
可能というよりは「直ちに即位する」（即位すべし）という規定、文言です。

皇位皇統の伝統的立場からは、初代神武天皇は始祖である天照大御神に繋がる存在として位置づけられています。
神さまの子孫とされているのですからそもそも実在性や史実的裏付けを根拠としておらず、伝承に基く文化的理念的な存在想定が根拠で十分という位置づけです。

むしろ初代天皇の神武天皇でさえ個人崇拝で捉えてはならない（日本建国の和、理念こそが重要）と戒めている形となります。
そうした神武天皇の伝統的位置付けにおいて、そのY染色体を云々、まじめな議論の根拠にするなどナンセンスの極みです。

過去に例があるから今もやってよいというのは伝統を尊重する在り様ではありません。
伝統自体変遷してきているものですし、中長期で時代状況・社会状況も変わってきています。
皇位皇統に関しては、天皇親政・同族婚（政治と直接的に関わる意味で権力闘争の面もあり）の時代から理念文化的象徴的存在へと位置付け役割も変わっています。
憲法に規定され国家・法制の枠組みで守られるようにもなっています。